医学实验中心系学校成建制实验室，共有实验楼 4 幢，建筑面积16872平方米。中心以“更加充实、更有保障、更可持续”为建设思路，优化实验教学、科学研究资源配置，坚持以增强实践教学实效和推进教学、科研、社会服务融合为目标，进一步强化医学实验中心建设与管理。中心分为基础医学实验中心、临床医学技能实训中心、医学虚拟仿真实验教学中心和医学科研平台。
      基础医学实验中心为解剖学、组织学与胚胎学、病理学、生理学、药理学、生物化学、医学微生物学、基础医学综合实训等课程提供实验教学服务，建有人体标本馆（正常与病理），配有病理学与组织学教学切片和各种教学模型，建设先进的人体解剖虚拟实验平台、医学形态学数字化教学平台、集成化生物信号采集处理系统教学平台，提高数字化水平，实现局部联网，为学生自主学习和终身学习能力的培养提供资源。
      临床医学技能实训中心为内科学、外科学、诊断学、基础护理学、成人护理学、医学影像学、临床生物化学检验、作业治疗学等临床医学、医学影像学、护理学、医学检验技术、康复治疗学等专业课程提供实验实训教学，建有模拟ICU、手术室、病房、护士站、多站式OSCE考试站、DR、PACS、CT、B超实验室、老年居家体验中心、社区小屋、医学检验实验室、神经康复实训室、运动损伤康复实训室，配备全自动分娩人、ECS综合模拟人、呼吸机、电动手术台、高级综合急救技能训练系统、核磁共振成像分析仪、人体动作捕捉分析系统、核酸蛋白定量仪、荧光倒置显微镜等各种实验实训设备，创造仿真医院环境，使临床技能基本操作训练在模拟医院情景下进行。
      基于“虚实结合、以虚补实”的思路建设医学虚拟仿真实验教学中心，教学资源包括：人体解剖学数字化教学平台、形态学数字化教学平台、机能学虚拟仿真实验教学平台、分子生物学虚拟仿真实验教学平台、临床医学PBL教学平台、虚拟实验动物中心和特色创新实验项目等。其中，中国数字人软件系统、解剖学大体标本（>1000例）、病理数字切片（>3000张）、机能、分子生物学以及自主设计的创新型虚拟实验共计85个，基本满足医学生实验教学所需。同时，利用虚拟仿真教学资源作为重要的实验教学补充，既能培养医学生科学思维和创新能力，又能大幅度节约医学实验教学成本。
      医学科研平台承担学院科研实验室建设和管理，并为教师科研项目申报、管理、科研业绩统计等服务。医学科研中心设置8个子平台，分别为感染与免疫实验平台、纳米医学实验平台、分子生物学实验平台、解剖与病理形态学实验平台、细胞生物学实验平台、小动物行为学实验平台、电生理实验平台和公共辅助实验平台。平台实际使用面积2500 m2，仪器设备资产约2000万元。主要设备包括超高效液相色谱质谱联用仪、气相色谱质谱联用仪、喷雾模式和喷雾形态分析仪、小动物核磁共振成像系统、超速离心机、钙离子成像系统、膜片放大器、多功能酶标仪、荧光定量PCR、流式细胞仪等，配套实验室及仪器设备齐全，基本满足分子、细胞及小动物水平等医学实验。
      近年来，中心获得中央、省、市财政和学校专项实验室建设经费支持，同时学院自筹实验室建设经费，实验设施逐年得到更新和完善，实验仪器设备总值为4000多万元。
      医学实验中心2011年建成绍兴市大学生创新创业实践基地，2015年建成浙江省级实验教学示范中心，2020年被认定为绍兴市级基层特色科普馆，2021年成为绍兴市科普基地。中心年承担临床医学、医学影像学、护理学、医学检验技术、康复治疗学等专业20余万人时数实验教学任务。在承担教学任务的同时，推进科研实验平台服务本科教育，为学生提供创新性、研究性实践场所。组织完成科研项目、科研成果奖、学会奖项申报。协助完成市红十字会急救培训、遗体捐献、学校新生体检、司法鉴定中心临床法医鉴定等任务，实现平台资源的社会共享。